Namd 2.9

Descrição

NAMD, ganhador do Prêmio Gordon Bell de 2002, é um código de dinâmica molecular paralelo projetado para simulação de alto desempenho de grandes sistemas biomoleculares.

Utilização

Abaixo, está um exemplo do conteúdo de um arquivo .srm voltado para utilização do Namd 2.9:


#!/bin/bash -l
#SBATCH -J Namd
#SBATCH --partition medium
#SBATCH --nodes 2
#SBATCH --ntasks 24
#SBATCH --cpus-per-task 1


ulimit -s unlimited
ulimit -a


srun --resv-ports namd2 teste.conf

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “namd2” é o executável do Namd, o “teste.conf” é o arquivo de entrada.