Autodock Vina

Descrição

AutoDock Vina é um programa de código aberto para fazer docking molecular. Ele foi projetado e implementado pelo Dr. Oleg Trott no Molecular Graphics Lab no The Scripps Research Institute.

Utilização

O software Autodock Vina não está paralelizando o processamento quando um job é submetido para mais de um nó de processamento, porém está paralelizando em um único nó. Dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job:


#!/bin/bash
#SBATCH -J Vina
#SBATCH --partition medium
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --ntasks 12
#SBATCH --cpus-per-task 1


ulimit -s unlimited
unlimit -a


vina --config teste_conf.txt

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “vina” é o executável do AutodockVina, o “teste._conf.txt” é o arquivo de entrada que contém os parâmetros para serem calculados.