Autodock 4.2

Descrição

AutoDock é um software de simulação de modelagem molecular. É especialmente eficaz para docagem de proteína-ligando.

Utilização

O autodock 4.2 só utiliza um núcleo por vez. Dessa forma, é recomendado que o arquivo .srm tenha os seguintes parâmetros para a submissão do job:


#!/bin/bash
#SBATCH -J Autodock
#SBATCH --partition medium
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --ntasks 1


ulimit -s unlimited
ulimit -a


autodock4 -p teste.dpf -l teste.dlg

De acordo com o exemplo acima, o parâmetro “autodock4” é o executável do Autodock, o “teste.dpf” é o arquivo de entrada que contém os parâmetros para serem calculados. Já o “teste.dlg” é o arquivo de saída que vai ser gerado após o termino da execução do job.